Para algunos de los historiadores que estudiaron su obra, el conocimiento del arte flamenco que evidencian algunas de las obras de Berruguete, como La Anunciación de Miraflores, sólo se podía explicar por un contacto directo con la pintura de los Países Bajos. Otros, en cambio, consideran que no era necesario que viajara a los Países Bajos, ya que en Castilla ya se practicaba por otros pintores el estilo flamenco.

Una de las características de Pedro Berruguete era su facilidad para asimilar las influencias recibidas y transformarlas para conformar su estilo personalísimo. La práctica totalidad de los autores, excepto Angulo, que se han referido al pintor de Paredes de Nava al analizar su estilo, no distinguieron entre el que podía mostrar en estos primeros años y el que tenía después de volver a Castilla.

Entre las pinturas de Berruguete anteriores a su viaje a Italia está el retablo de la historia de la Vera Cruz, que se encuentra en el Museo de Santa Eulalia de Paredes de Nava. Respecto de las cuatro tablas de los evangelistas de su predela, no resulta fácil llegar a una conclusión ya que Berruguete debió transformarlas después de volver de Italia. Lo que en modo alguno se encuentra en esas primeras tablas es el dominio del espacio, de la anatomía y de la composición, y una variedad y naturalidad mayores en el gesto y en las actitudes de sus personajes.

Berruguete no se vio influido en estas primeras obras por el arte del Renacimiento italiano, ni tampoco reprodujo la arquitectura castellana de la época, como hizo más adelante. Lo que representó en ellas fueron edificios con paredes sin estructurar, como la mayoría de los pintores hispano-flamencos de la zona en los que, en algún caso, se incorporan elementos góticos o románicos. Pese a las lagunas que aún existen en el conocimiento de la pintura flamenca de la zona, se puede asegurar que lo único que separa las tablas de la historia de la Vera Cruz de las restantes obras de Berruguete, es lo que aprendió en Italia.

Por tanto, para Pilar Silva Maroto, Berruguete no se encaminó a los Países Bajos y desde allí viajó a Italia, sino que la influencia flamenca la recibió en la misma Castilla. Aunque por el momento no se puede precisar con quién se formó Berruguete, cabe al menos señalar la presencia en Burgos de pintores que conocían o habían estado en contacto directo con el arte nórdico, como el Maestro de Budapest o el de los Balbases, de quienes muy bien pudo aprender el pintor paredeño lo que sabía.