Pedro Berruguete nació en la villa de Paredes de Nava (Palencia), donde residía su familia desde 1430. Ese año, su abuelo, llamado también Pedro Berruguete, llegó a Tierra de Campos desde Las Encartaciones (Álava) acompañando al Maestre de Santiago, Don Rodrigo Manrique, recién nombrado Conde de Paredes por el rey Juan II de Castilla.

El abuelo de Pedro Berruguete, al ser hidalgo, entroncó enseguida con una familia principal de la zona, y se casó con María Berruguete Serrano con la que tuvo dos hijos: Alonso, padre del pintor, y Pedro, que había de ser miembro de la orden dominica, tan vinculada a nuestro personaje. Lo más pronto que se puede situar el nacimiento de nuestro pintor es en 1450 y lo más tarde en 1455.

Según el testamento de uno de los nietos de Pedro Berruguete, Lázaro Diez, fechado el 17-9-1611, se sabe que Pedro contrajo matrimonio con Elvira González, de la que tuvo seis hijos: Alonso (el gran escultor), Pedro, Cristina, Isabel, Elvira y Catalina. La boda tuvo lugar después de que Pedro volviera de Italia en 1485 y, por los datos que se tienen, la economía del matrimonio era bastante desahogada. El volumen de su hacienda – al igual que su condición social como hidalgo que era – convertían a Berruguete en un caso aparte del resto de los pintores castellanos de su época. Este hecho debe tenerse presente a la hora de valorar su personalidad como artista, y para entender los vínculos por los que Pedro se mantuvo como vecino de Paredes.

Aunque no existe ningún dato que lo confirme, todo parece indicar que debió tener una taller en Paredes, si no siempre que residió en Castilla, al menos la mayor parte de su vida. Esto no obsta para que, cuando las circunstancias así lo requerían, haya tenido que trabajar lejos de sus tierras palentinas, cuando ejecutaba pinturas murales que, obviamente, debían hacer «in situ».

Pese a que no se conserva ningún dato sobre ello, a excepción del testamento de su nieto Lázaro Díaz, parece que Berruguete murió en Madrid a finales de 1503, a la edad de unos 50 años, a donde quizás habría ido por su vinculación a un determinado comitente.

Pedro Berruguete fue un artista que dedicó su vida al ejercicio de la pintura por vocación. Fue un hidalgo de Tierra de Campos, con bienes muebles e inmuebles suficientes como para, aún dejando tras de sí seis hijos menores, tuvo un recuerdo para una institución religiosa, Santo Tomás de Ávila, dejando ordenado en sus últimas voluntades un legado de 10.000 maravedíes para el convento de los dominicos de Ávila.